Домовая церковь Рождества Пресвятой Богородицы была устроена при перестройке бывшего здания Большого театра для Санкт-Петербургской консерватории в 1891—1896 годах по проекту архитектора Владимира Николя. Храм занимал двухсветное пространство в верхней части здания и был освящён осенью 1896 года. Его интерьер соединял древнерусские мотивы с монументальной живописью конца XIX века: росписи выполняли Андрей Рябушкин и Василий Беляев, иконостас был изготовлен из морёного дуба. Большие арочные окна играли в этой композиции самостоятельную роль.

В окна были установлены фигурные витражи. Их исторический вид известен прежде всего по чёрно-белым фотографиям конца XIX — начала XX века. Архивная фотография интерьера начала XX века хранится в фототеке Научного архива Института истории материальной культуры РАН.

Витраж был сравнительно новым элементом православного храмового интерьера. В России стеклянные иконы и большие сюжетные окна получили распространение только в XIX веке, поэтому витражи Консерватории существовали в необычном сочетании с интерьером, ориентированным на русское церковное искусство XVI-XVII столетий. В публикациях, сопровождавших последнюю реставрацию здания, сообщалось, что исторические окна были изготовлены в Германии и по художественному характеру относились к западноевропейской витражной традиции.

После революции церковь перестала использоваться по первоначальному назначению. В 1920—1930-е годы её убранство было разобрано, а само двухсветное пространство разделили перекрытием и перегородками: здесь разместились библиотека, книгохранилище и учебные помещения. Живопись оказалась скрыта под многочисленными слоями штукатурки, краски и обоев. Исторические витражи были полностью утрачены.

При масштабной реставрации Консерватории, начавшейся в 2021 году, помещение домовой церкви было раскрыто вновь. Под поздними покрытиями удалось обнаружить значительную часть первоначальной монументальной живописи. Витражные окна, в отличие от росписей, реставрировать было невозможно — их пришлось воссоздавать заново на основании исторической иконографии и архивных материалов.

Сегодня витражи вновь занимают исторические оконные проёмы и работают вместе с восстановленной стенописью.