Морской Никольский собор в Кронштадте задумывался как нечто большее, чем просто храм. Это был храм-памятник — место, где соединяются история флота, личные судьбы и память о людях. С историей собора связаны многие известные имена. В его создании участвовали представители флота и церкви, на освящении присутствовал Николай II, в нем служил Иоанн Кронштадтский. 

Строительство собора в неовизантийском стиле началось в 1902 году по проекту архитектора Василия Косякова и завершилось в 1913-м. Инициатором выступил вице-адмирал Николай Казнаков. Главный престол освящен во имя Николая Чудотворца — покровителя моряков.

Собор сразу стал важной архитектурной доминантой Кронштадта. Его купол виден со стороны фарватера, а само здание вместе с Якорной площадью формирует целостный ансамбль.

Росписи выполнил художник Михаил Васильев, майолика была создана в керамической мастерской Петра Ваулина. Иконостас изготовили из белого мрамора с мозаичными вставками. Внутри собора все подчинено идее памяти — от архитектуры до декоративных деталей. Морская тема проходит через все оформление храма, органично соединяясь с христианской символикой. По стенам собора размещены мраморные доски: черные — с именами погибших за Родину моряков, белые — с именами флотских священнослужителей. Рядом с ними — реликвии, связанные с кораблями и флотской службой.

После закрытия в 1929 году здание использовали как Дом офицеров. В середине XX века интерьер сильно изменили: появился подвесной потолок, иконостас был разрушен, а исходное пространство искажено. В 1974 году в соборе открылся филиал Центрального военно-морского музея.

В 2002 году собор был возвращен РПЦ, тогда же началась реставрация, продлившаяся до 2013 года.